1. Jenjang pengajian dibagi tiga :
a. Thobaqoh Ula (Pra Semester) : 3 tahun
b. Thobaqoh Wustho (Semester) : 3 tahun
c. Thobaqoh 'Ulya (Pasca Semester) : 3 tahun
2. Santri dapat mengampil jenjang dan semester manapun setelah melalui test masuk dan atau Ujian Lompatan.
3. Jenjang Pra Semester mengikuti sistem paket (semua mata pengajian adalah mata pengajian pokok), sehingga apabila ada satu mata pengajian yang tidak lulus, maka santri yang bersangkutan tidak dapat mengambil satupun mata pengajian program di atasnya.
4. Pada jenjang Semester, santri dapat mengambil mata pengajian manapun yang telah dipenuhi syarat-syarat pengambilannya, setelah disetujui oleh Pembimbing Akademik.
5. Pada jenjang Semester, mata pengajian Fiqih dan Alat merupakan mata pengajian pokok, selain itu adalah non-pokok
6. Meskipun menganut SKS (Sistem Kredit Semester), pada jam-jam mengaji, santri tetap diwajibkan melakukan kegiatan ta'allum, baik formal (mengikuti pengajian di kelas) maupun personal dengan dibimbing Qori'in.
7. Satu sks (satuan kredit semester, dengan huruf kecil) berarti dalam satu minggu belajar di kelas (tatap muka dengan guru) selama 3 jam dan di luar kelas 3 jam.
8. Jenjang Pasca Semester hanya bisa diambil setelah semua mata pengajian pada jenjang Semester dinyatakan lulus.
Program Tahfidzul Qur'an Pondok As-Salafiyyah
Khusus pondok putri, juga diadakan program Tahfidzul Qur'an yang kedudukannya sama dengan Thobaqoh Ulya (Pasca Semester). Akan tetapi program ini bukan atau belum masuk program kerja Majelis Qoriin, masih dipegang dan dikendalikan oleh Ibu Nyai Dafinatul 'Ulum Al-Khafidzoh (Putri Bapak Kyai), yang juga alumni dari Pondok Pesantren Pandanaran Yogyakarta (Pengasuh Mbah KH. Mufid Mas'ud). Setiap dua tahun sekali diadakan acara wisuda tahfid bersamaan dengan acara pengajian akbar akhir tahun (biasanya dilakukan pada siang harinya). Hingga tahun 2009 sudah dilaksanakan wisuda tahfidz sebanyak 7 angkatan.
Mata Pengajian dan Kitab Acuan Yang Digunakan
Berikut adalah daftar mata pengajian dari tiga thobaqoh yang ada, beserta besar kredit semester dan kitab yang menjadi acuannya. Ini mulai diterapkan sejakSanatud Dirosah 1426-1427 H, setelah mengalami berbagai perbaikan sejak sistem SKS diterapkan pada 1995.
