Pondok Pesantren Sunan Pandanaran (PPSPA) yang berbasih Nahdiyyin ini didirikan oleh Al-mukarom KH. Mufid Mas’ud, Alm. bersama oleh istri beliau yang bernama Ibu Hj. Jauharoh, Almh. yang juga merupakan putri dari pendiri Pondok Pesantren Al-Munawwir Krapyak Yogyakarta yaitu KH. Munawwir.PPSPA berdiri pada bulan Desember 1975, hingga sekarang santri dari Pondok Pesantren ini telah mencapai 2500 santri. Al-mukarom KH. Mufidz Mas’ud telah wafat pada tahun 2007, kemudian pimpinan Pondok diserahkan kepada putra beliau KH.Mu’tasyim Billah SQ.Mpd.i.
Pondok Pesantren Sunan PandanAran (PPSPA) selain mendidik santrinya untuk belajar agama Islam, tapi juga menyediakan pendidikan formal berupaRaudhatul Athfal (RA) Sunan PandanAran (Setingkat TK) , Madrasah Ibtidaiyah (MI) Sunan PandanAran (Setingkat SD), Madrasah Tsanawiyah (MTs) Sunan PandanAran (Setingkat SMP), Madrasah Aliyah (MA) Sunan Pandan Aran (setingkat SMA), dan Sekolah Tinggi Agama Islam Sunan Pandan Aran (STAISPA). Sejak berdiri PPSPA memang berkonsentrasi dalam bidang Al-qur’an, untuk itu tingkatan khataman di PPSPA terdiri dari tiga tingkatan, yaitu tingkat pertama khataman Juz’ama (hafal juz 30), tingkat kedua khataman Bin-nadzor (khatam Juz 30, Surat Al-Kahfi, Surat Yaasin, dan Surat-surat Pendek), dan tingkat teratas khataman Bil-Ghoib (hafal dari Juz 1 sampai juz 30). Selain konsentrasi Al-Qur’an, PPSPA juga mengajarkan al-kitab dan bahasa asing (Arab dan Inggris).
PPSPA yang beralamat di Jl. Kali urang Km.12,5 Candi Sardonoharjo, Ngaglik, Sleman, DI. Yogyakarta memiliki enam komplek, yaitu komplek I digunakan untuk Hufadz (penghafal Al-Qur’an) Putra, Komplek II untuk Hafidzoh (Penghafal Al-Qur’an) Putri, Komplek III Putra untuk Siswa MTs dan MA Sunan Pandan Aran Putra, Komplek III Putri untuk siswi MTs dan MA Sunan Pandan Aran Putra (Putra dan Putri terpisah), Komplek IV untuk Mahasiswa, Komplek V untuk Mahasiswi, dan Komplek VI untuk lanjut usia yang ingin belajar mengaji. Untuk komplek MA dan MTs santri wajib sekolah di Instansi yang telah disediakan Pondok Pesantren, dengan tujuan agar lebih kondusif dalam mengatur kegiatan, antara kegiatan sekolah dan pesantren. sedangkanKomplek mahasiswa baik putra maupun putri diberi kebebasan untuk memilih Kampus dan tidak harus di STAISPA.
Selain mengaji setiap hari di masing-masing komplek PPSPA juga mengadakan event tahunan yaitu Khataman, setiap tanggal 17 Sya’ban. Ada juga event bulanan, yaitu pengajian mujahadah Akbar yang diadakan setiap hari kamis wage ba’da ‘asar.
